傅里葉紅外光譜儀在生物醫學工程中的應用，也包括多個方面——有相關于藥物的，也有相關于器械設備等的，簡單從以下四個方面來抽樣說明：

　　*，蛋白質溶劑變性、熱變性、化學修飾等研究

　　應用傅里葉紅外光譜儀可以了解蛋白質構象變化的信息。溶劑環境、熱變性和化學變性等手段更加全面地了解蛋白質的結構知識。

　　第二，藥物與蛋白質相互作用

　　應用傅里葉紅外光譜儀可以了解蛋白質與不同性質的藥物作用前后結構變化的信息。采用傅里葉變換紅外光譜技術觀察分析鎳、鎘兩金屬與紅細胞膜作用前后細胞膜紅外吸收的變化情況。

　　第三，酶催化反應機理研究

　　傅里葉變換紅外光譜學方法在測定酶的作用機制和反應的動力學過程方面有一定的優勢。Fisherd[6]等應用傅里葉變換紅外光譜法研究了b-內酰胺抗生素被b-內酰胺酶水解的過程。

　　第四，紅外顯微鏡技術在生物醫學中的應用

　　也就是除了以上的關于藥物合作的信息，傅里葉紅外光譜儀可以配備具有擴展測試功能的附件如紅外顯微鏡，用于測定微量和生物樣品的紅外光譜。通過顯微鏡觀察被測樣品的外觀形態或物理微觀結構，可直接測試樣品某特定部位的化學成分，得到該微區物質的高質量紅外譜圖。